Karena aktivitas politik ayahnya, Prabowo menghadapi masa kecil yang dibatasi tinggal di luar Indonesia mulai dari kelas tiga SD. Namun, cinta terhadap Indonesia, yang ditanamkan oleh orang tuanya dan kakeknya, membawanya memilih Akademi Militer Nasional daripada menghadiri universitas top Amerika, meskipun prestasi sekolahnya yang tinggi.
Di Jakarta, Prabowo tinggal di antara rumah ayahnya di Jalan Kertanegara, Kebayoran Baru, dan rumah kakeknya di Jalan Matraman. Tempat tinggal kakeknya, R.M. Margono Djojohadikusumo, terletak di sebelah rumah K.H. Hasyim Asyari, kakek presiden keempat Indonesia, Gus Dur.
Prabowo juga menghabiskan waktu di Swiss, sebagai langkah yang dipicu oleh perselisihan politik antara Prof. Sumitro dan Presiden Sukarno mengenai Partai Komunis Indonesia (PKI), di mana Prof. Sumitro tidak bisa menerima keterlibatan PKI dalam pemerintahan Sukarno, yang menyebabkan pengawasan terhadap rumah Prof. Sumitro di luar negeri oleh lembaga intelijen.
Pendidikannya dilanjutkan di American School di London, di mana Prabowo berhasil sebagai kapten tim sepak bola, debat, dan catur, dan menjabat sebagai editor-in-chief majalah sekolah. Pada saat itu, Prabowo adalah satu-satunya murid Indonesia di sekolahnya.
